भगवान तिरुपति, भगवान बद्रीनाथ और भगवान हृषिकेश नारायण की मूर्तियाँ एक ही शालिग्राम शिला से निर्मित हैं। बद्रीक धाम में भगवान नारायण अकेले रहते हैं और यहाँ भी काले शालिग्राम शिला से बनी चतुर्भुज मूर्ति अकेली है।

मंदिर का निर्माण बड़े-बड़े पत्थरों से किया गया है। इसकी दीवारें 7 से 8 फीट चौड़ी हैं। ऋषिकेश नारायण की 5 फीट ऊँची मूर्ति काले शालिग्राम पत्थर के एक ही टुकड़े से बनी है। इसके बगल में, एक चट्टान के टुकड़े में भगवान वराह की मूर्ति स्थापित है।

मंदिर के बाहरी ढांचे का पुनर्निर्माण नाभा राज्य के महाराजा यशवंत सिंह मालवेंद्र बहादुर ने 1832 ई. (संवत 1889) में करवाया था। मंदिर के गुंबद का शीर्ष एक ही चट्टान के टुकड़े से बना है जिसका वज़न 125 टन है। मुख्य मंदिर में सोलह कोने हैं। बाहरी ढांचे में नौ गुंबद हैं जो एक पंक्ति में तीन-तीन के समूह में स्थित हैं।

मंदिर की परंपरा के अनुसार, केवल कुछ चुनिंदा त्यागी साधकों, विद्वानों और पंडितों को पवित्र स्नान और अंग्यास के शुद्धिकरण के बाद मंदिर के भीतर गर्भगृह में प्रवेश करने की अनुमति दी जाती है। भगवान नारायण की परिक्रमा में उत्कीर्ण पाली/प्राकृत भाषा के आदेश से संकेत मिलता है कि किसी राजा ने बारहवीं शताब्दी से पहले ही मंदिर का जीर्णोद्धार कराया था। पुरातत्वविदों के अनुसार, मूल मंदिर शंकराचार्य से भी पुराना है। मंदिर के निर्माण में प्रयुक्त चट्टानों के टुकड़े भी इसकी गवाही देते हैं क्योंकि वे कई शताब्दियों के तूफानों और वर्षा से घिस गए हैं। मंदिर को बाढ़ से बचाने के लिए एक ऊँचे चबूतरे पर बनाया गया है, जिससे पता चलता है कि अतीत में गंगा नदी मंदिर के काफी पास बहती थी।

गढ़वाल विश्वविद्यालय के पुरातत्व विभाग द्वारा किए गए उत्खनन कार्य में भूमिगत ईंटें और मिट्टी के बर्तन मिले हैं जो इसकी पुष्टि करते हैं।मंदिर के मुख्य द्वार के सामने स्थित बरगद का पेड़ भी बहुत पुराना है।

मंदिर में सूर्य देव की मूर्ति से संकेत मिलता है कि यह शक काल में प्रचलित था। अंतिम शाक्य राजा रुद्रदेव को तीसरी शताब्दी में चंद्रगुप्त द्वितीय ने पराजित किया था, इसलिए यह मूर्ति दर्शाती है कि यह मंदिर दो या तीन शताब्दी ईसा पूर्व में अस्तित्व में था।

श्री यंत्र

नौवीं शताब्दी के आरंभ में मंदिर के जीर्णोद्धार के समय, गुरु आदि शंकराचार्य ने मंदिर के आंतरिक गुम्बद में भगवान हृषिकेश नारायण की मूर्ति के ऊपर गर्भगृह में श्रीयंत्र की स्थापना की थी ताकि शैव, शाक्त, वैष्णव, गाणपत्य और सौर पाँच वैदिक अनुष्ठानों और पूजा पद्धतियों के समन्वय का निर्माण किया जा सके। श्रीयंत्र की पवित्र स्थापना विशिष्ट और रहस्यमय अनुष्ठानों के साथ की गई थी और यह कुछ चुनिंदा साधकों के आध्यात्मिक उत्थान के लिए थी।

इस श्रीयंत्र की पूजा और महिमा विभिन्न संप्रदायों, शैव और वैष्णवों द्वारा की जाती है। यह श्रीयंत्र अत्यंत भव्य और तेजस्वी है और सभी शक्तियाँ, सफलता और समृद्धि प्रदान करता है। इसने इस प्राचीन मंदिर की आध्यात्मिक भव्यता और रहस्यमय शक्ति में भी वृद्धि की है।